利用多管發酵法使用生化培養箱培育物質在實驗之前必須要有所準備，比如采集樣品、調節溫度、水樣體積的計算等都要做出預計，以及培育過后的保存都要注意。多管發酵法所使用的培養液在分裝于各發酵管中后，應將發酵管盡快放于生化培養箱中，在115℃滅菌20min，這個溫度也應控制好，既達到滅菌的作用，還要防止培養物質分解流失，然后貯存于冰箱或暗處備用。

濾膜法所采用的M-FC培養基多使用外購的成品，培養基中苯胺藍的純度和質量往往影響菌落的顏色，因此，無菌包裝的成套培養基在使用前，先接種典型糞大腸菌，以觀察對比菌落的顏色，來鑒定其穩定性。

生化培養箱多管發酵法的結果是根據不同接種量的發酵管所出現陽性結果的數目，從MPN表中查得相應的MPN指數，來計算每升水中糞大腸菌群細菌的MPN值。MPN是指zui大可能數，它是根據統計學理論，估計水體中的菌群密度和衛生質量的一種方法，所以準確判斷不同接種量發酵管的陽性數是非常重要的，否則將導致較大偏差。濾膜法的結果是計數濾膜上呈藍或藍綠色的菌落，來計算出每升水樣中的糞大腸菌群數。所以為便于計數，減少誤差，理想的水樣體積是一片濾膜上生長20-60個糞大腸菌群菌落。